ישיבת "באר מרדכי" הינה "ישיבה קטנה" אשר נועדה לתת מענה הולם לציבור הליטאים – פרושים, תלמידי בית בריסק ואנשי "הישוב הישן" המתגוררים בעיר בית שמש והחפצים לחנך את ילדיהם בשפת האידיש על מבועי טהרת הקודש, באווירת "פרום" שמרנית, בדרך המסורה לנו, ובאופן אשר אינו קשור באף צורה ותמיכה כלכלית עם הממסד הממשלתי.
ההווי הייחודי השורר בישיבה הופך אותה לכור ההיתוך וחממה מופלאה לצורבים צעירים במיטב שנותיהם אשר עושים את ימי חורפם במקום תורה עילאי זה מתוך מטרה לגדול ולצמוח עדי יהיו לאילנא רברבא.